政策法规科：组织拟订民族、宗教重要文件、地方性法规、规章草案，协调有关法规草案的审核工作；指导民族识别、民族成份管理工作，承办涉及少数民族风俗习惯有关管理工作的具体指导和协调；联系上级民族团结进步表彰的工作；承担规范性文件的合法审查工作，承办行政复议、行政许可复核和信访工作；负责城市民族事务管理工作。

民族经济发展科：研究提出少数民族和民族地区经济发展特殊政策建议；参与或负责拟订少数民族和民族地区发展及示范区经济项目等有关规划和计划，监督检查规划的实施情况；负责民族地区统计分析和综合评价监测工作；负责民族专项资金项目管理和绩效评价工作，帮助少数民族和民族地区解决经济发展中的特殊困难，牵头协调民族贸易、民族特需用品生产及其优惠政策的实施；协助民族地区开展对口支援、经济技术合作和民族贸易、民族特需商品生产的有关工作，会同市直有关部门积极做好民族地区行业扶贫开发等有关工作；承担电脑农业推广工作。

民族社会事业科：研究提出少数民族和民族地区科技、教育、文化、卫健、体育、广播影视、新闻出版等社会事业发展的特殊政策建议，落实涉及民族社会事业相关扶持项目，牵头实施或配合有关部门做好少数民族传统文化抢救保护及文化精品扶持打造等工作，配合办理扶持、援助民族社会事业有关事项，承办民族文化、民族体育等活动的具体事务，指导民族古籍的收集、整理、出版工作，参与民族文物保护工作，组织和承办民族文化交流活动，指导少数民族语言文字及翻译的有关工作，参与协调双语教育工作。

监督检查与民族团结创建科：监督检查民族宗教法律法规和民族政策的执行情况；协调、指导民族区域自治法和宗教方面法律法规的贯彻落实；研究民族宗教发面重大突发事件的预警、应急机制和处置预案；指导督促民族团结进步创建活动；负责民族宗教目标责任制工作；组织开展民族团结进步示范区重大问题的调研分析并提出政策建议；总结、推广、宣传和命名表彰民族团结示范创建工作；承担普洱市民族团结进步示范区建设领导工作小组办公室的日常工作。

宗教一科：负责佛教事务管理工作，开展调查研究并提出有关政策建议；指导佛教协会依法依章开展活动；承担联系相关宗教人士的工作；指导县（区）宗教事务部门依法对佛教事务进行管理。

宗教二科：负责基督教事务管理工作，开展调查研究并提出有关政策建议；指导基督教“两会”依法依章开展活动；承担联系相关宗教人士的工作；指导县（区）宗教事务部门依法对基督教事务进行管理。

宗教三科：负责伊斯兰教事务管理工作，开展调查研究并提出有关政策建议；指导伊斯兰教协会依法依章开展活动；承担联系相关宗教人士的工作；指导县（区）宗教事务部门依法对伊斯兰教事务进行管理。